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A review of techniques for spatial modeling in geographical, conservation and landscape genetics Genet. Mol. Biol.
Diniz-Filho,José Alexandre Felizola; Nabout,João Carlos; Telles,Mariana Pires de Campos; Soares,Thannya Nascimento; Rangel,Thiago Fernando L.V.B..
Most evolutionary processes occur in a spatial context and several spatial analysis techniques have been employed in an exploratory context. However, the existence of autocorrelation can also perturb significance tests when data is analyzed using standard correlation and regression techniques on modeling genetic data as a function of explanatory variables. In this case, more complex models incorporating the effects of autocorrelation must be used. Here we review those models and compared their relative performances in a simple simulation, in which spatial patterns in allele frequencies were generated by a balance between random variation within populations and spatially-structured gene flow. Notwithstanding the somewhat idiosyncratic behavior of the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Autocorrelation; Geographical genetics; Isolation-by-distance; Landscape genetics; Spatial regression.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572009000200001
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Caracterização genética de uma coleção de germoplasma de cagaiteira, uma espécie nativa do cerrado Bragantia
Almeida Júnior,Edivaldo Barbosa de; Chaves,Lázaro José; Soares,Thannya Nascimento.
A cagaiteira é uma espécie frutífera comum no bioma Cerrado. A planta produz um fruto do tipo baga que é consumido in natura ou processado de várias formas. Em função do potencial produtivo da espécie, existe interesse na sua domesticação, para produção em larga escala. Para atender esse objetivo, a avaliação da variabilidade genética é fundamental para subsidiar programas de melhoramento e domesticação da espécie. Nesse sentido, o objetivo do trabalho foi estimar parâmetros genéticos quantitativos da coleção de germoplasma de Eugenia dysenterica DC., para disponibilizar informações que possam ser úteis em programas de melhoramento da espécie. O experimento foi montado no ano de 1998 em delineamento experimental de blocos completos ao acaso com 110...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Eugenia dysenterica DC.; Variabilidade genética; Conservação; Domesticação de espécies nativas; Espécies frutíferas.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052014000300005
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Cross-amplification and characterization of microsatellite markers in species of Manihot Mill. (Euphorbiaceae) endemic to the Brazilian Cerrado Acta Botanica
Miranda,Kássia Marques Corrêa; Guimarães,Rejane Araújo; Silva,Marcos José da; Oliveira,Patrícia Rasteiro Ordiale; Ribeiro,Thania Gonçalves; Mendes,Thainara Policarpo; Telles,Mariana Pires de Campos; Soares,Thannya Nascimento.
ABSTRACT The genus Manihot Mill. contains about 120 species of which about 104 occur in Brazil. We tested the cross-amplification of ten microsatellite markers developed for Manihot esculenta in 15 species of Manihot endemic to the Brazilian Cerrado. We also evaluated the genetic diversity of Manihot irwinii, M. orbicularis, and M. purpureocostata. Ten pairs of primers were amplified among 14 species of Manihot. The percentage of polymorphic loci per species varied from 70 to 100 %. Nine markers showed amplification and polymorphism when evaluated on polyacrylamide gel. The markers were combined to form three sets for multiplex genotyping for genetic diversity analysis, and showed 51, 75, and 75 alleles in M. irwinii, M. orbicularis, and M....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genetic diversity; Polymorphism; SSR; Transferability wild cassava.
Ano: 2020 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-33062020000400772
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Distribuição espacial da variabilidade genética intrapopulacional de Dipteryx alata PAB
Soares,Thannya Nascimento; Chaves,Lázaro José; Telles,Mariana Pires de Campos; Diniz-Filho,José Alexandre Felizola; Resende,Lucileide Vilela.
O objetivo deste trabalho foi avaliar o padrão espacial da variabilidade genética entre plantas, dentro de três populações naturais de barueiro (Dipteryx alata Vogel), pela genotipagem por RAPD e técnicas de autocorrelação espacial. Os cinco iniciadores RAPD permitiram a codificação de 45 locos, utilizados nas análises de diversidade, estrutura e distribuição espacial da variabilidade genética entre populações. As populações apresentaram diversidade genética (Hs) com valor médio 0,314. Verificou-se que 12% da variação total se encontra entre as populações, o que indica que estas mantêm um considerável nível de variabilidade genética. Foi observada tendência de autocorrelação espacial positiva nas primeiras classes de distâncias, nas três populações, o que...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Autocorrelação espacial; Baru; Conservação; Estrutura familiar; Fluxo gênico; RAPD.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000900008
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Estrutura genética em populações naturais de Tibouchina papyrus (pau-papel) em áreas de campo rupestre no cerrado Rev. Bras. Bot.
Telles,Mariana Pires de Campos; Silva,Sandra Pereira da; Ramos,Juliana Rosa; Soares,Thannya Nascimento; Melo,Dayane Borges; Resende,Lucileide Vilela; Batista,Eliane cotrim; Vasconcellos,Breno de Faria.
O presente trabalho teve como objetivo utilizar marcadores RAPD para conhecer a variabilidade genética de populações de Tibouchina papyrus (Pohl) Toledo, provenientes da região de Serra Dourada e Serra dos Pirineus, no Estado de Goiás. Os seis iniciadores RAPD produziram um total de 147 locos, variando entre 23 e 26 por iniciador. A avaliação hierárquica da estruturação da variabilidade genética, realizada pela a AMOVA, considerando a existência de duas regiões (Serra dos Pirineus e Serra Dourada) apresentou uma estimativa de F ST = 0,3439. O valor do componente entre regiões (F CT) foi igual a 18,96% e a variação entre populações dentro de regiões igual a 15,43%. As estimativas de fluxo gênico sugerem a existência de uma baixa proporção de migrantes entre...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Cerrado; RAPD; Tibouchina papyrus; Variabilidade genética.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-84042010000200010
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Global warming decreases the morphological traits of germination and environmental suitability of Dipteryx alata (Fabaceae) in Brazilian Cerrado Acta Botanica
Ribeiro,Raquel Menestrino; Tessarolo,Geizianne; Soares,Thannya Nascimento; Teixeira,Itamar Rosa; Nabout,João Carlos.
ABSTRACT We experimentally evaluated how different temperatures affect germination of individual seedlings of Dipteryx alata, and estimated the impact of climate change on the species using ecological niche modeling. A total of 240 seeds were randomly distributed among three different temperature treatments (32 ºC, 36 ºC, and 40 ºC), and monitored for 35 days. We measured seven seed traits and estimated the ecological niche of D. alata using a consensus of four methods. The treatment with the highest temperature produced smaller and lighter seedlings. The consensus of ecological niche modeling indicated that are expected to reduce the areas with climates favorable for D. alata in future scenarios. Thus, our two results (experiment and ecological niche...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Climatic scenarios; Germination; Global climate change; Ecological niche model; Temperature.
Ano: 2019 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-33062019000300446
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Paternity testing and behavioral ecology: a case study of jaguars (Panthera onca) in Emas National Park, Central Brazil Genet. Mol. Biol.
Soares,Thannya Nascimento; Telles,Mariana P.C.; Resende,Lucileide V.; Silveira,Leandro; Jácomo,Anah Tereza A.; Morato,Ronaldo G.; Diniz-Filho,José Alexandre F.; Eizirik,Eduardo; Brondani,Rosana P.V.; Brondani,Claudio.
We used microsatellite loci to test the paternity of two male jaguars involved in an infanticide event recorded during a long-term monitoring program of this species. Seven microsatellite primers originally developed for domestic cats and previously selected for Panthera onca were used. In order to deal with uncertainty in the mother's genotypes for some of the loci, 10000 values of W were derived by simulation procedures. The male that killed the two cubs was assigned as the true sire. Although the reasons for this behavior remain obscure, it shows, in principle, a low recognition of paternity and kinship in the species. Since the two cubs were not very young, one possibility is that the adult male did not recognize the cubs and killed them for simple...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Ecological stress; Infanticide; Jaguar; Microsatellites; Paternity.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572006000400025
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